Ошибочный платеж по НДФЛ можно зачесть в счет недоимок или будущих платежей по другим федеральным налогам. Например, по НДС или налогу на прибыль. Ведь эти налоги организация уплачивает из своих средств. И она вправе делать это досрочно. Это следует из пунктов 1 и 8 статьи 45, пунктов 1, 2 и 5 статьи 78 НК и письма ФНС от 06.02.2017 № ГД-4-8/2085.

Чтобы зачесть переплату в другие налоги, подайте в налоговую инспекцию заявление. Его форма утверждена приказом ФНС от 14.02.2017 № ММВ-7-8/182. К заявлению приложите платежное поручение и выписку из регистра по НДФЛ. Сделать такой зачет можно даже в середине квартала. Дожидаться, когда наступит срок сдачи 6-НДФЛ, не нужно.