Отказ регистрирующего органа должен быть обоснованным. При повторном обращении за регистрацией придется вновь заплатить госпошлину. Подобной позиции по вопросу о возврате пошлины придерживается и КС РФ.
Письмо Минфина России от 14.12.2015 N 03-05-06-03/72948