Использовать факсимиле разрешает Гражданский кодекс. Например, оно допустимо в договорах (п. 2 ст. 160 ГК РФ). Налоговый кодекс факсимиле не разрешает.
Письмо Минфина России от 27.08.15 № 03-07-09/49478
Определение ВС РФ от 22.01.16 № 307-КГ15-18124