Следует воспользоваться сервисом "Узнай чужой ИНН" на сайте ФНС и попытаться с его помощью выяснить ИНН работников. Если данные не найдены в базе, желательно сохранить доказательства. Тогда в справке 2-НДФЛ безопасно оставлять поле "ИНН в Российской Федерации" пустым.
Письмо Минфина России от 18.04.2016 N 03-04-06/22325