Организация обязана удержать начисленную сумму налога только при фактической выплате дохода (п. 4 ст. 226 НК РФ). Уплата налога за счет собственных средств раньше срока недопустима (п. 9 ст. 226 НК РФ). Компания вправе вернуть досрочно уплаченную сумму НДФЛ (зачесть ее нельзя). При этом в установленные сроки надо перечислить НДФЛ, фактически удержанный из доходов физлиц.
Если НДФЛ не перечислен после выплаты доходы, то ФНС признает доначисление и пени правомерными.