Компания вправе не выставлять счета-фактуры на авансы, если отгрузит товары в течение пяти календарных дней (письмо Минфина России от 12.10.11 № 03-07-14/99).
В остальных случаях безопаснее составить документ.
Если не выставить счета-фактуры на аванс, инспекторы доначислят налог. А вот вычеты по отгрузкам не примут. Отбиться от претензий получается только в суде (постановление Федерального арбитражного суда Московского округа от 19.04.13 № А40-86167/12-108-111)