С 2015 года компании были вправе зачитывать между собой переплату по взносам, которые контролирует один фонд. Например, пенсионные в медицинские, и наоборот. Но с 2017 года кодекс разрешает зачитывать переплату только в счет предстоящих платежей по тем же взносам или в пени и штрафы по ним (п. 1.1 ст. 78 НК РФ в ред. закона № 243-ФЗ).

Что касается переплаты за 2016‑й и более ранние периоды, ее можно будет только вернуть по заявлению. Решение о возврате примет фонд и передаст его налоговикам.
Чтобы не возвращать деньги, безопаснее рассчитываться с фондами в ноль до конца года. Если есть переплата, зачтите ее. Для этого подайте в ПФР заявление по форме 22-ПФР (приложение 2 к постановлению Правления ПФР от 22.12.15 № 511п). В ФСС направьте заявление по форме 22-ФСС (приложение 2 к приказу ФСС РФ от 17.02.15 № 49).
Не платите в конце года взносы впрок. Всю переплату, которая останется на 31 декабря, потребуется потом возвращать.