Заявительный порядок вычета НДС дает налоговую выгоду за счет более раннего возмещения из бюджета НДС (ст. 176.1 НК РФ). Но в случае отказа в вычете инспекция выносит решение о возврате НДС в бюджет и уплате повышенных процентов (п. 10, 15, 17 ст. 176.1 НК РФ).
Спорные проценты — это компенсация потерь бюджета в связи с излишним возмещением налога. Налогоплательщик должен уплатить их, если инспекция отменила решение о возмещении налога. Оснований для отмены два:
- по результатам камеральной проверки (п. 15 ст. 176.1 НК РФ);
- в случае подачи уточненной налоговой декларации (п. 24 ст. 176.1 НК РФ).

Определения Верховного суда РФ от 27.06.16 № 303-КГ16-657, от 26.01.16 № 310-КГ15-18128.