Компания вправе зачесть излишне уплаченный НДС в недоимку по НДФЛ. Такой вывод следует из письма Минфина России от 30.08.16 № 03-07-11/50432 (ответ на частный вопрос).
О зачете переплаты по НДС
Письмо Минфина России от 30.08.16 № 03-07-11/50432