Программа инспекторов не сопоставляет счета-фактуры с кодом 26 с декларациями контрагентов. Если поставить код 26 по ошибке, счет-фактура не найдет пару и налоговики запросят пояснения.

Код 26 работает только с покупателями, которые не платят НДС. Когда отгрузили товар контрагенту на общей системе, ставьте код 01. Его же используйте, когда неизвестно, на каком режиме покупатель (письмо УФНС по г. Москве от 13.09.2016 № 24-11/104017).

Компания не обязана подавать уточненку, если ошиблась в коде. Достаточно пояснить расхождения.