Расходы на ремонт компания вправе списать сразу, а затраты на реконструкцию — постепенно через амортизацию. При реконструкции компания улучшает характеристики основного средства или придает ему новые качества (п. 2 ст. 257 НК РФ). Цель ремонта — устранить неисправности. Но что такое ремонт, в кодексе не сказано. Поэтому любые улучшения в основном средстве налоговики считают модернизацией или реконструкцией.

Чтобы оспорить решение, используйте определения из других законов (п. 1 ст. 11 НК РФ). По строительным нормам капитальный ремонт — это замена или восстановление инженерных систем отопления, водоснабжения, строительных конструкций, кроме несущих (п. 14.2 ч. 1 ст. 1 Градостроительного кодекса).
Если вы проводили техническую экспертизу, должно быть заключение о том, что несущие конструкции не требуют замены. Это главный аргумент, который поможет победить в споре (определение ВС РФ от 02.06.16 № 41-АПГ16-2).