Бывают ситуации, когда за вторую половину месяца сотрудник ничего не зарабатывает. Например, из-за временной нетрудоспособности или отпуска за свой счет. В этом случае налог удержать не из чего. Чтобы предотвратить подобные случаи, бухгалтеры удерживают налог и с первой, и со второй части заработной платы.
Нужно ли платить НДФЛ с аванса? Не нужно и в этом случае. Налог должен поступить в бюджет только после того, как компания окончательно рассчитается с работниками. Но удержав налог заранее, компания ничем не рискует. На практике выбирают один из двух вариантов.

Во-первых, компания может выдавать первую часть заработной платы, уменьшив ее на сумму налога. По окончании месяца посчитать полный заработок и налог с него. А затем доплатить человеку с учетом всех начислений и удержаний.
В обоих случаях у чиновников не должно быть вопросов к тому, платится ли НДФЛ с аванса вовремя.