Доходы, не учитываемые при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций, определены в статье 251 Кодекса. Перечень таких доходов является исчерпывающим. Субсидии, полученные в соответствии с Федеральным законом "О развитии малого и среднего предпринимательства в Российской Федерации", в данном перечне не поименованы, в связи с чем учитываются налогоплательщиками в составе доходов при определении объекта налогообложения по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения.

Вместе с тем положениями абзаца 6 пункта 1 статьи 346.17 Кодекса определено, что при упрощенной системе налогообложения средства финансовой поддержки в виде субсидий, полученные в соответствии с Федеральным законом "О развитии малого и среднего предпринимательства в Российской Федерации", отражаются в составе доходов пропорционально расходам, фактически осуществленным за счет этого источника, но не более двух налоговых периодов с даты получения. Если по окончании второго налогового периода сумма полученных средств финансовой поддержки превысит сумму признанных расходов, фактически осуществленных за счет этого источника, разница между указанными суммами в полном объеме отражается в составе доходов этого налогового периода.

Данный порядок признания доходов, в соответствии с абзацем 7 пункта 1 статьи 346.17 Кодекса, применяется налогоплательщиками, применяющими в качестве объекта налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, а также налогоплательщиками, применяющими в качестве объекта налогообложения доходы, при условии ведения ими учета сумм выплат (средств).
Письмо Минфина России от 28.09.2017 · № 03-11-06/2/62961