Если стороны пришли к соглашению именно о компенсации убытков подрядчика, то есть материалы, приобретенные для выполнения работ, не передаются заказчику, а утилизируются, то компенсация убытков подрядчика не является объектом обложения НДС
Если заказчик компенсирует вам стоимость материалов с учетом НДС, то НДС, ранее принятый к вычету, следует восстановить. Иначе размер убытка следовало определить без учета НДС, который компания заявила к вычет