С 2023 года пени не привязаны к конкретному виду налога. Их рассчитывают на общую сумму недоимки при отрицательном сальдо ЕНС. С этого же года в решении о привлечении к налоговой ответственности сумма пеней не указывается (п. 8 ст. 101 НК). Сам порядок расчета пеней менялся. Пени не начисляются в периоде, когда проверяющие приняли обеспечительные меры, но только если они объективно препятствовали исполнить обязанность по уплате налога (п. 3 ст. 75 НК). При обеспечительных мерах нельзя взыскивать пени, так как приостановка действует на все суммы, даже если их не указали .
Суды разрешают налоговикам ретроспективно пересчитать пени в сторону увеличения, если они допустили очевидную ошибку. Для суда важно только то, что компания не оспаривает просрочку уплаты налогов в бюджет.

Другое дело, если проверяющие злоупотребляют своими правами, а не просто восстанавливают справедливость. Например, иногда с ЕНС налог списывают два раза. Неблагоприятные имущественные последствия ошибок инспекции на бизнес перекладывать нельзя .Положительное ЕНС — это собственность компании до момента, пока их не списали в счет налоговых обязательств. Поэтому если инспекторы неправомерно уменьшили сальдо ЕНС, то они должны вернуть средства с процентами