Применения ККТ не требуют следующие операции (не понимаются как расчет в понимании Федерального закона №54-ФЗ):
частичная выдача зарплаты товаром;
удержание денег из зарплаты в счет компенсации затрат, понесенных в связи с трудовой деятельностью.

Однако если сотрудник что-то купил у компании, а потом попросил вычесть это из зарплаты, надо пробивать чеки. Будь то товары, работы или услуги. Такие расчеты попадают под регулирование закона №54-ФЗ.