Заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога можно подать в течение трех лет со дня уплаты этой суммы (п.7 ст.78 НК РФ).

Представление отчетности 2-НДФЛ не связано с обязанностью по исчислению и уплате налога. И в связи с этим не может быть признано моментом, когда организация узнала о переплате.