Предпринимателю надо приобрести квалифицированную подпись, чтобы подавать заявления о зачете или возврате налога через личный кабинет налогоплательщика. К такому выводу пришла ФНС в решении по жалобе от 13.12.2018 № СА-3-9/9449@

Индивидуальный предприниматель может входить в личный кабинет двумя способами: с помощью логина и пароля или электронной подписи. В зависимости от этого будут отличаться возможности кабинета: у бизнесменов с электронной подписью их больше (приложение № 2 к регламенту, утв. приказом ФНС от 26.05.2015 № ММВ-7-6/216@).
В частности, они могут направлять заявления на сверку расчетов, зачет или возврат налогов, уточнение платежа и т. д.
Без электронной подписи можно узнать информацию о состоянии расчетов с бюджетом, неисполненных требованиях и т. д. Но бессмысленно направлять, например, скан-копию заявления о возврате налога: инспекторы вправе игнорировать такой документ.