Компании, которые закупают бумажные отходы, будут рассчитывать НДС, даже если сами освобождены от уплаты налога. Порядок расчета тот же, что для закупок металлолома. Налоговой базой будет стоимость бумажных отходов с учетом НДС. Исчислять налог потребуется по расчетной ставке – 20/120.
Счет-фактуру на реализацию макулатуры выставит продавец. На документе компания поставит отметку, что НДС исчислен налоговым агентом(Приложение к письму ФНС от 16.01.2018 № СД-4-3/480@).
На основании этого счета-фактуры покупатель примет налог к вычету, в том числе с предоплаты. Если поставщик освобожден от НДС, то сделает в договоре и первичке отметку «Без НДС». Тогда исчислять налог не нужно.

Пункт 8 статьи 161 НК (в ред. Закона от 27.11.2018 № 424-ФЗ)