Заверять книги покупок и продаж усиленной квалифицированной электронной подписью нужно только непосредственно перед отправкой в налоговую. Пока книги просто хранятся на компьютере, подписывать их не нужно.
Письмо ФНС России от 24.01.2019 N ЕД-4-15/1044