Нельзя уменьшать на НДФЛ зарплатные авансы. Это чиновники сообщили в ответ на запрос "УНП" в письме от 18.09.2018 № 14–1/В-765.
По НК доход в виде зарплаты возникает на последнее число месяца (п. 2 ст. 223 НК). Раньше у компании нет оснований исчислять сумму налога и тем более удерживать его из выплат, которые причитаются сотруднику. При этом выдавать зарплату надо дважды в месяц (абз. 6 ст. 136 ТК).