НДС, который покупатель доплатил к авансу, можно принять к вычету.

08.05.2019 8:52:00
Суммы НДС в размере 2 процентных пунктов НДС, доплаченные покупателем после 1 января 2019 года продавцу к предварительной оплате (частичной оплате), перечисленной покупателем до 1 января 2019 года, в связи с увеличением налоговой ставки по НДС с 18 до 20 процентов, принимаются покупателем к вычету на основании корректировочных счетов-фактур, составленных и выставленных продавцом в порядке, рекомендованном письмом ФНС России от 23 октября 2018 г. N СД-4-3/20667@, согласованном Минфином России.
письмо Минфина от 12.04.2019 № 03-07-11/26126