Организация не может рассчитывать на вычет НДС, если продавец выдал счет-фактуру, но не зарегистрировал его в книге продаж. Ведь в таком случае программа налоговиков не найдет пару счету-фактуре из декларации покупателя.

Позиция и аргументы чиновников спорные. Кодекс не ставит право на вычет НДС в зависимость от того, отобразил поставщик счет-фактуру в книге продаж или нет. Если налоговики из-за этого отказывали в вычетах, компании успешно защитились в суде (постановления ФАС Московского округа от 03.10.12 № А40-12936/12-115-31, Северо-Кавказского округа от 18.01.11 № А32-5645/2010–1/135–51/348).

Вероятность спора с налоговиками больше, если поставщик исправлял счета-фактуры за прошлые периоды.