Право на вычет не зависит от добросовестности контрагента как налогоплательщика. Но при условии, что сделка реальная.
Компания вправе заявить вычет за тот квартал, в котором приняла покупку к учету. Необходимо получить счет-фактуру не позднее установленного срока представления налоговой декларации за соответствующий налоговый период [абз. 2 п. 1.1 ст. 172 НК]. Поэтому важно, когда документ поступил в компанию.
Если Универсальный документ получили 25 октября, в последний день для сдачи декларации за III квартал. По мнению судей, в срок засчитывается дата, до которой надо отчитаться [определения Конституционного суда от 04.07. 2002 № 185-О, Верховного суда от 16.10.2018 № 304-КГ18-7786]. Минфин учитывает позицию судей о том, как надо применять правила НК о сроках и вычетах [письмо от 30.04.2019 № 03-02-08/32422]. Можно заявить вычет за III квартал, если 25 октября получили счет-фактуру на сентябрьскую отгрузку.

Универсальный передаточный документ — комбинированный. Кроме формы счета-фактуры он выполняет функцию накладной или акта. То есть подтверждает прием-передачу товара или услуг. Причем использовать УПД только в качестве счета-фактуры не получится [письмо ФНС от 22.08.2018 № АС-4-15/16298@]. Если покупатель докажет, что принял товар самостоятельно и раньше, чем поставщик подписал УПД, то можно заявить вычеты за III квартал. Подтвердить прием-передачу покупки можно любым первичным документом. Главное, чтобы стало ясно, что, когда и в каком количестве приняла компания к учету [письмо Минфина от 31.07.2019 № 03-07-14/57440].