Компания признается налоговым агентом, если выдает доход «физикам». Поэтому при каждой выплате вознаграждения должна исчислить, удержать и заплатить НДФЛ. Из своих средств это делать нельзя, так как компания только налоговый агент (ст. 207 НК). Таковы общие нормы Налогового кодекса.
Вместе с тем в НК внесли поправки, и теперь он предусматривает возможность работодателя заплатить налог за счет своих средств, если его доначислили по итогам проверки (п. 9 ст. 226 НК). Причем для такого случая добавили оговорку — у сотрудника не возникает дохода в сумме НДФЛ, который заплатил работодатель (п. 5 ст. 208 НК). То есть вам не надо считать материальную выгоду и удерживать налог с перечисленных сумм. А значит, доначисленные суммы не надо показывать в 6-НДФЛ и 2-НДФЛ ни в текущих отчетах, ни за прошлый период.
До 2 марта вам предстоит отчитаться по НДФЛ за 2019 год. Налоговики скорректировали контрольные соотношения для зарплатных отчетов. Новшества применят уже на проверке ваших отчетов по 6-НДФЛ, 2‑НДФЛ и расчета по взносам за 2019 год.