Компания рискует вычетами НДС, если на проверке снимут расходы. Но можно не опасаться проблем только потому, что воспользовались льготным кредитом. Для этого случая в НК не прописали специальных правил. Покупки за счет заемных средств надо учитывать как обычно.
Для вычетов НДС не имеет значения, свои или заемные деньги использовала компания. Главное — заручиться верным счетом-фактурой, перечислить аванс либо оприходовать покупку. Расходы признавайте в налоговом учете, если можете их обосновать и подтвердить документами. Разъяснение Минфина об общих правилах учета затрат за счет льготного кредита можно использовать не только на общей системе. Раз специальных правил нет — на упрощенке тоже учитывайте расходы как обычно.

Если банк решит списать компании кредит и проценты, эти суммы ей не потребуется отражать в доходах (подп. 21.4 п. 1 ст. 251 НК). Но придется подтвердить, что банк в период кредитного договора получал из бюджета субсидию. Иначе будет считаться, что вы получили послабление от банка, а не госпомощь. Тогда нормы подпункта 21.4. пункта 1 статьи 251 НК не действуют. Чтобы не включать суммы в доходы, попросите подтверждающий документ банка.