Утверждение инспекторов не проверить
Вы не сможете проверить, заплатил ли ваш контрагент с поставки, если он откажется предоставить вам декларацию за период отгрузки. Инспекторы тоже не выдадут вам эти данные, даже если контрагент согласился считать их общедоступными. Вы можете запросить такие сведения в инспекции, но форма ответа на запрос не предназначена для организаций, и вам откажут (письмо ФНС от 12.10.2020 № АБ-4-19/16709@).
Готовьтесь защищать вычеты
Инспекторы признали, что присылают уведомления для профилактики. Это не основание для уточненки к доплате, но и просто так подобное сообщение не направляют.
Формулировка «нет источника для возмещения» означает, что ваша сделка замешана в цепочке поставок, где обнаружили налоговый разрыв. И раз вам прислали уведомление, значит, компания уже в разработке контролеров. Вы вправе защищать вычеты и все же прежде определите свои риски.
Докажите осмотрительность и неосведомленность о схеме
Даже если у вас есть верные счета-фактуры, первичка о приемке товара и сам товар, этого может оказаться недостаточным. Надо собрать все документы о том, что ваш поставщик выглядел благонадежным, когда заключали сделку. То есть вы убедились по отчетности контрагента, что у него есть необходимые ресурсы, чтобы выполнить обязательства. Также узнали, что он работает без налоговых долгов. Однако и это не гарантия, что ваши вычеты сохранят.
Сейчас все зависит от того, докажут ли налоговики, что вы могли знать об участии вашего поставщика в сомнительных операциях (п. 5 приложения к письму ФНС от 28.07.2020 № БВ-4-7/12120). Вас могут признать участником схемы или выгодоприобретателем, и тогда пополнят бюджет на НДС за счет вашей компании — снимут вычеты. Но это произойдет после проверки. А проверка сама по себе — это риск доначислений, причем не по одной операции.

Не отказывайтесь от вычета, если сделка реальна, вы уверены, что все законно, и готовы отстаивать свою правоту.
Делите риск с контрагентами


Обезопасить компанию от сомнительных вычетов все сложнее. Поэтому стоит разделить риски с контрагентами. Для этого запишите в договор особые условия. Можно использовать за основу меры, которые предлагает в рамках совместного с налоговиками эксперимента Ассоциация добросовестных участников рынка АПК (информресурс.хартия-апк.рф > Правила сервиса). А именно удержать оплату в размере предъявленного вам НДС до тех пор, пока поставщик не урегулирует вопрос с разрывом. Способ подходит любой компании. Причем налоговики и сами рекомендуют дополнить договоры. Так сможете сберечь средства организации, если придется отказаться от вычетов.