При переходе на двухуровневую систему управления все функции упраздняемых территориальных инспекций будут выполнять соответствующие УФНС по регионам. А центры компетенции по досудебному урегулированию споров передадут в межрегиональные ИФНС по соответствующим федеральным округам. Таким образом удастся добиться единообразия правовых подходов при вынесении решений по жалобам, повысить эффективность контроля за подразделениями по досудебному урегулированию споров.

Пилотный проект по внедрению двухуровневой системы управления с 2016 года применяют в Республике Алтай. С 23 ноября 2020 года проект запустили в республиках Тыва и Хакасия, а также в Севастополе. Жалобы, полученные налоговиками этих регионов теперь рассматривают межрегиональные инспекции ФНС по Сибирскому и Южному федеральным округам соответственно.