По данным инспекторов, компании часто:
не соблюдают контрольные соотношений при заполнении деклараций;
некорректно отражают сведения, содержащиеся в счет-фактуре: номер, дата счет-фактуры; ИНН контрагента; код вида операций и пр.;
некорректно указывают номер заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов, информации в декларации на товары не соответствует данным налогоплательщика;
не восстанавливают НДС в случае перечисления покупателем сумм оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок, передачи имущественных прав в налоговом периоде, в котором продавцом выставлена счет-фактура на отгрузку;
неправильно отражают в декларации записи при выставлении, получении исправительных счетов-фактур, корректировочных счетов-фактур;
не заполняют или неправильно заполняют разделы 10 «Сведения из журнала учета выставленных счетов-фактур» и (или) 11 «Сведения из журнала учета полученных счетов-фактур» при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, агентских договоров или на основе договоров транспортной экспедиции;
неправильно заполняют книги покупок, книги продаж, журналы учета, выставленные счета-фактуры, журналы учета, полученные счета-фактуры при одновременном осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, агентских договоров или на основе договоров транспортной экспедиции и (или) в интересах самого налогоплательщика;
отражают в налоговой декларации вычеты по НДС за пределами 3 лет от даты выставления счета-фактуры и на момент окончания налогового периода, в котором представлена декларация;
допускают ошибки при аннулировании записей в разделе 9 «Сведения из книги продаж» налоговой декларации: сумма НДС, указанная с отрицательным значением, превышает сумму НДС, указанную в записи по счету-фактуре, подлежащей аннулированию (либо отсутствует запись по счету-фактуре, подлежащая аннулированию).