ФНС раньше делала вывод, что компания завершила операцию тогда, когда заплатила налог (письмо от 09.08.2016 № ГД-4-11/14507). Поэтому если компания выдала зарплату и перечислила налог 30 сентября, то ФНС советовала заполнять доход в 6-НДФЛ за девять месяцев.

В письме № БС-4-11/20126@ ФНС пришла к другому выводу. Если компания выдала зарплату 30 сентября, строки 100–140 надо заполнять в расчете за год.

Компании обязана перечислить НДФЛ в рабочий день, следующий за выдачей зарплаты (п. 6 ст. 226 НК РФ). То есть если работник получил деньги 30 сентября, то срок уплаты налога — 3 октября (1 и 2 октября — выходные). Значит, операция завершена 3 октября. Не важно, когда компания фактически перечислила налог — 30 сентября или 3 октября. Поэтому, если компания заполнила зарплату в разделе 2 расчета за девять месяцев, уточните 6-НДФЛ.

Письмо ФНС России от 24 октября 2016 г. № БС-4-11/20126@