- несоблюдение контрольных соотношений в нарушение приказа ФНС от 29.10.2014 № ММВ-7-3/558@;
- неверное отражение сведений из счетов-фактур;
- некорректное указание номера заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов;
- неправильное отражение записей при выставлении и получении корректировочных счетов-фактур;
- неверное заполнение книг покупок и продаж, а также журналов учета;
- неправильно отражение вычетов по НДС с нарушением сроков и проч.

Среди контрольных соотношений, в частности, налоговики отметили 1.27 и 1.28. То есть, компании не указывают сведения из книг продаж и покупок, а также журналов учета счетов-фактур.